Osiguranje kvalitete je, uz ECTS, temeljni element reforme visokog obrazovanja u stvaranju europskoga prostora visokog obrazovanja. Opći cilj visokog obrazovanja je stvaranje, poticanje i osiguravanje kvalitetnog obrazovnog procesa za studenta. Kako bi se svim interesnim skupinama mogla jamčiti kvaliteta sadržaja i izvođenja studijskih programa, kao i kvaliteta u najširem smislu te riječi, Filozofski fakultet kao sastavnica Sveučilišta u procesu je razvoja institucijskog mehanizma internog osiguranja i unaprjeđenja kvalitete, pri čemu se rukovodi standardima i smjernicama za osiguranje kvalitete u europskom prostoru visokog obrazovanja. Primjena osiguranja kvalitete u sferi visokog obrazovanja posebno je naglašena važnom socijalno-ekonomskom ulogom koju obrazovanje igra u razvoju lokalnog, nacionalnog i globalnog društva.
Prva formalna tijela sustava kvalitete na Filozofskom fakultetu osnovana su 2008. godine te su u nekoliko navrata mijenjala svoje nazive, strukturu i članove. Za potrebe ujednačavanja sustava kvalitete na razini Sveučilišta, prema Pravilniku o ustroju i djelovanju sustava za osiguranje kvalitete na Sveučilištu u Mostaru, te Vodiču kroz osiguranje kvalitete, na Fakultetu su 12. svibnja 2014. god. osnovani su Odbor za unaprjeđenje i osiguranje kvalitete i Ured za osiguranje kvalitete, u čijem sastavu djeluju Služba za odnose sa studentima i Služba za praćenje i unaprjeđenje kvalitete.
Članovima Odbora imenovani su: predsjednik Odbora, dr. sc. Marko Odak, doc., prodekan za nastavu, dr. sc. Marija Vasilj, v. asist. (Hrvatski jezik i književnost), doc. dr. Ivana Grbavac (Engleski jezik i književnost), doc. dr. Ivica Petrović (Njemački jezik i književnost), Jelena Jurčić, v. asist. (Latinski jezik i rimska književnost), Damir Mišetić, v. asist. (Talijanski jezik i književnost), Zoran Pervan, v. asist. (Ruski jezik i književnost), Mate Penava, v. asist. (Filozofija), Krešimir Tabak, v. asist. (Logopedija), doc. dr. Dijana Pinjuh (Povijest), Barbara Martinović, v. asist. (Povijest umjetnosti), Tino Tomas, v. asist. (Arheologija), Marin Čuljak, v. asist. (Novinarstvo), Vanja Topić, asist. (Psihologija), dr. sc. Dražen Barbarić, doc. (Politologija), Anđelka Oreč, asist. (Socijalni rad), dr. sc. Marijan Primorac, v. asist. (Odnosi s javnošću), dr. sc. Andrea Miljko, doc. (Informacijske znanosti), Maja Sesar, dipl. iur. (Pravna služba Fakulteta), te Vladimir Vegar, predstavnik studenata.
Odbor organizira, koordinira i provodi postupke vrednovanja i razvija unutarnje mehanizme osiguravanja i unaprjeđenje kvalitete na razini Fakulteta, posebice obzirom na samovrjednovanje, razvijanje indikatora kvalitete, sudjelovanje studenata u praćenju kvalitete provedbe studija, istraživanje uspješnosti studiranja i kompetencije nastavnog osoblja, usavršavanje sveučilišnih nastavnika i administrativnog i tehničkog osoblja, kvaliteta općih i specifičnih kompetencija ostvarenih studijskim programom, definiranje i uvođenje tipa standardizacije u administrativnom dijelu Fakulteta. Odbor redovito organiziran različite radionice i tematske sastanke s interesnim strankama. U suradnji s Odborom za kvalitetu Sveučilišta i Uredom za unaprjeđenje i osiguranje kvalitete Sveučilišta te ostalim tijelima Fakulteta planira strategiju unaprjeđenja kvalitete Fakulteta kao sastavnice Sveučilišta. Odbor ima obvezu podnositi izvješće o svom djelovanju Znanstveno-nastavnom vijeću Fakulteta i Odboru za unaprjeđenje i osiguranje kvalitete na razini Sveučilišta. Izvješće se podnosi najmanje jednom godišnje, a prema potrebi i u drugim utvrđenim rokovima. Između ostalih rezultata rada Odbora svakako treba istaknuti tiskanje Priručnika za primjenu ECTS-a, kojeg su priredili prof. dr. sc. Ivica Musić, doc. dr. sc. Luciana Boban i Marijana Glavina, referent za nastavu (poveznica) te Priručnika za stjecanje nastavničkih kompetencija tijekom redovitoga studija, u suautorstvu doc. dr. sc. Luciane Boban i Ines Perić, v. asist. (poveznica za priručnik).
Za članove Ureda za osiguranje kvalitete imenovani su: dr. sc. Marko Odak, doc., prodekan za nastavu, Mate Penava, v. asist., voditelj Ureda, član Službe za odnose sa studentima: Danijel Korać, voditelj Studentske referade, član Službe za praćenje i unaprjeđenje kvalitete: Marijana Glavina, referentica za nastavu, Zoran Pervan, v. asist., ECTS koordinator Filozofskog fakulteta, te Marijana Šuvak-Martinović, v. asist. Između ostalih aktivnosti, najznačajnije je spomenuti rad Ureda na izradi Samoevaluacijskog izvješća svake akademske godine, u svrhu redovitog praćenja podataka ili akreditacijskih procesa. Pored toga Ured analizira te predlaže izmjene i dopune različitih pravilnika, koordinira procesima i aktivnostima između rada stručnih službi međusobno i stručnih službi prema studijima (ažuriranje nastavnih planova svih studija, realizacija u ISS-u, rješavanje pojedinih specifičnih problemskih pitanja, organizacija nastave, ažuriranje potrebnih dokumenata Fakulteta i sl.). .
Tijela sustava osiguranja kvalitete rade sinkronizirano s već postojećim organizacijskim tijelima Fakulteta, na način da se zaključci Odbora ili Ureda predlažu Znanstveno-nastavnom vijeću na usvajanje, ili izravno ili neizravno preko Vijeća pročelnika i tajnika. Time Fakultet na način koji je transparentan i na razini fakulteta i prema vanjskim interesnim strankama provodi sve aktivnosti kojima ostvaruje svoje strateške ciljeve te osnovne postavke vlastite misije i vizije.